Od początku istnienia WFOŚiGW w Gdańsku priorytet w jego działalności stanowiła realizacja zadań związanych z ochroną wód. Wśród pierwszych działań była ochrona Zatoki Puckiej i Gdańskiej. Zrealizowane zostało kompleksowe przedsięwzięcie, które ograniczyło spływ zanieczyszczeń do wód morskich. Pozwoliło to otworzyć plaże nad Bałtykiem. Fundusz nadal wspiera programy i zadania ograniczające bezpośredni dopływ zanieczyszczeń do wód powierzchniowych w zlewniach rzek oraz na obszarach ochronnych zbiorników wód podziemnych stanowiących źródło wody dla potrzeb komunalnych.
WFOŚiGW współfinansuje budowę i modernizację oczyszczalni ścieków oraz systemów kanalizacyjnych. Efekty tych działań są wymierne. Nastąpiło zwiększenie przepustowości infrastruktury wodno-ściekowej, podłączyły się do niej kolejne gospodarstwa domowe, a ścieki oczyszczone mają wreszcie wymaganą jakość. Fundusz zapobiega powstawaniu odpadów, ogranicza ich ilość. Wdraża systemy selektywnej zbiórki i nowoczesnych technologii odzysku, a także unieszkodliwiania odpadów. Rozwój odnawialnych źródeł energii wspiera m.in. poprzez dofinansowanie inwestycji związanych z montażem kolektorów słonecznych. Współfinansowane są również zadania edukacyjne i badawcze dotyczące ochrony powietrza i OZE.
Od wielu lat WFOŚiGW w Gdańsku aktywnie uczestniczy w programie monitoringu atmosfery poprzez dofinansowanie zadań realizowanych przez Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Gdańsku, był również jednym z inicjatorów powołania Fundacji „Agencja Regionalnego Monitoringu Atmosfery Aglomeracji Gdańskiej”.
Fundusz dofinansował liczne działania służące zachowaniu bioróżnorodności. Usytuowanie województwa pomorskiego wymaga ochrony siedlisk i ekosystemów związanych z morzem: klifów, wybrzeży mierzejowych, podmokłych łąk, torfowisk. WFOŚiGW wsparł działania związane z ochroną przyrody, w tym związane z ochroną ryb łososiowych, reintrodukcją foki szarej oraz funkcjonowaniem ośrodków rehabilitacji ptaków drapieżnych. Środki finansowe przeznaczone zostały także na program kompleksowej ochrony nietoperzy, montaż budek lęgowych i platform dla ptaków. Ze środków Funduszu sporządzane są plany ochrony parków krajobrazowych i rezerwatów przyrody. Budowane są ścieżki edukacyjno-przyrodnicze, spacerowe i rowerowe.
Wojewódzki Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Gdańsku wraz z 15 pozostałymi wojewódzkimi funduszami ochrony środowiska i gospodarki wodnej oraz Narodowym Funduszem Ochrony Środowiska tworzą unikatowy w skali świata, spójny system finansowania ochrony środowiska. Inwestycje o zasięgu ogólnopolskim i ponadregionalnym finansowane są w ramach NFOŚiGW. Natomiast te o znaczeniu regionalnym finansowo wspierają wojewódzkie fundusze.
